《魔法少女奈葉The MOVIE 2nd A's》劇情介紹:
半年前的一連串遭遇,徹底改變了三年級小學生高町奈葉(田村由香里配音)的人生,她以魔法少女的身份邂逅了可愛的小伙伴尤諾·斯克萊亞(水橋香織飾),并通過連番激戰與深鎖著無數秘密和煩惱的菲特·泰斯特羅莎(水樹奈奈配音)成為莫逆好友。新學期開始,菲特以小學生的身份轉入奈葉的班級,一切看似進入了平穩期。克就在某個毫無征兆的夜晚,奈葉和菲特遭到手持暗之書的維塔(真田麻美配音)等三名違法渡行者的襲擊,她們的魔導器也被破壞。
新的危機,新的對手,一切朝著不可預知的方向發展……