《名偵探柯南》第19部劇場版《業火的向日葵》在日本上映期間，慣例性的在本次劇場版的最后出現了第20彈制作決定的鏡頭。然后，屏幕中還出現了酒吧的吧 臺、琴酒的聲音在念“基爾、波本，難道是……”之后，《名偵探柯南劇場版》的主題出現了，是神秘的黑衣人登場了，黑暗組織的臥底成員水無憐奈與安室透疑似 身份曝光！這就意味著《名偵探柯南》的第20彈劇場版將會與黑暗組織扯上關系了，而整個劇場版的劇情或將與整個故事的主線劇情牽扯到一起！
在劇場版中，黑暗組織的現身，圍繞黑暗組織而展開的故事是少之又少，盡管各位漫迷們都十分期待柯南與黑暗組織的碰頭，但這終究只是漫長時間里的一次無望的 等待。然而，此番的《名偵探柯南》即將推出的第20彈劇場版就要與黑暗組織扯上關系了，這樣的情報著實令無數期待許久的漫迷們激動不已！
近日，《名偵探柯南》第20彈劇場版總算曝光了劇情：
事件從一個充滿詭異的黑夜開始：一名間諜悄悄潛入日本警察機關，目的是為盜取一份內容含有英國“MI6”、德國“BDN”、美國“CIA”，甚至還有“FBI”等各國諜報機構的相關人員名單的機密文件。正在間諜即將得逞之際，幸好安室透率領的日本公安及時趕到……
騷動中，間諜匆忙奪車而逃。于是，一干人等在夜黑風高的高速公路上上演了一出驚心動魄的追逐戰，而更加慘烈的是，周圍無辜的車輛也被接二連三的卷了進來，愈加慘重的事故即將釀成……就在這時，穿透黑暗的一顆子彈射中了間諜的車，間諜瞬間連人帶車一起墜落崖底……
次日，東都水族館迎來了柯南一行人。就在他們正在巨大摩天樓下玩得正酣的時候，一名負傷又美麗的神秘女子出現在了他們的眼前……這個女子失去了所有記憶，已經完全想不起來自己是誰，發生過什么事，就連在身邊摸出來的手機也早已損壞。然而，她的身上卻有一個極為特別的地方，那就是她的兩只眼睛。旁人仔細觀摩便會發現，她那兩只眼睛的瞳孔所呈現出來的顏色并不一致，即俗稱的“陰陽眼”。
為了幫助失去記憶的這名神秘女子找回遺失的身份，柯南與身邊的伙伴們便相約與之同行……但是，令他們萬萬沒想到到的是，他們的一舉一動已經映入了黑暗組織的貝爾摩德的眼簾……
緊接著，貝爾摩德便尾隨柯南一行人之后，在取出搶的同時又對著耳麥的另一邊說道：“我正有此意，琴酒”。