《進擊的巨人第二季》將緊接進擊的巨人后面的劇情發展。第二季講述的劇情是人類曾一度因被巨人捕食而崩潰。幸存下來的人們建造了三面巨大的防護墻來阻止了巨人的入侵，在這隔絕的環境里享受了一百年的和平。不過作為“和平”的代價，人類失去了到墻壁的外面去這一“自由”，如同被圈養的畜牲一般安穩的生活著。主人公艾倫·耶格爾對還沒見過的外面的世界抱有興趣，同時也對人類失去的“自由”抱有向往，不同于懼怕巨人且盲目相信墻壁能保護自身安全而甘愿生存在墻內的大多數人類，他想到墻外的世界去探險的想法被視為異端。人們安逸了100年之際，也就是艾倫·耶格爾十歲那年、突然出現一個前所未見、身高60米的“超大型巨人”，以壓倒性的力量破壞巨墻，其后瞬間消失，巨人們成群的沖進墻內捕食人類。艾倫·耶格爾看到了人們、伙伴、母親先后被巨人殺死，懷著對巨人無以形容的恨意，誓言殺死全部巨人，母親死亡、父親失蹤，其父可能掌握了巨人之謎，艾倫·耶格爾因父親而獲得了的“巨人之力”，在軍隊同期訓練生里有著其他人無法比擬的強悍精神力，即使見過地獄也依然向巨人挑戰，進而加入向往以久的調查軍團，艾倫的生活就在這一刻開始發生了翻天覆地的變化……