距離那場舉世震驚的大戰已經過去了數年，雖然美國政府宣布此事只是一場與外星人無關的恐怖襲擊，但大部分人都明白，這不過只是政府掩蓋事實真相的一昧說辭。擎天柱（皮特·庫林配音）等變形金剛繼續生活在地球上，與人類和平共處，山姆（希亞·拉博夫飾）也已經順利讀完高中，即將進入大學生涯，而米凱拉（梅根·福克斯飾）就沒有那么幸吡耍�異地戀的結果則是山姆把大黃蜂（馬克·瑞恩配音）留給了米凱拉。踏進大學校園，山姆對一切事物都感到新鮮，而且還認識了一個漂亮的女同學愛麗絲（伊莎貝爾·盧卡斯飾）。不過在全新的環境里沒生活多久的他又陷入了一個令他頭疼的境地，他的腦海里常常出現一些莫名其妙的符號，而且似乎冥冥里來自遙遠星球的一個聲音正在召喚著他……

　　山姆把這些事情告訴了擎天柱，無奈之下擎天柱告訴了他一個一直隱瞞著的秘密：變形金剛的起源來自于火種源魔方創造的13個變形金剛，而這群變形金剛創造了一種叫做領導模塊的東西，它可以無限的吸取太陽的能量，而領導模塊也引起了變形金剛的內斗，其中一個名叫墮落金剛的想把它據為己有。為了避免領導模塊引起宇宙災難，初代變形金剛將它藏在了宇宙的某個地方，而墮落金剛一直沒有放棄過尋找領導模塊，如今，地球成了他的尋找目標。而關于領導模塊的秘密，則同山姆手中的火種源碎片有關，里面記載了遠古時期變形金剛到訪地球的種種線索，而他們前來地球，似乎就是為了留下一張藏寶圖，而這藏寶圖上記載的，就是領導模塊的下落。

　　山姆與擎天柱將此事告知美國政府，同時博派也做好了戰斗準備，嚴陣以待墮落金剛的到來，全球各國亦罕有的同時聯合起來；在另一邊，狂派的迷亂（里諾·威爾遜配音）從美國軍方基地里偷走了火種源的碎片，用于威震天（雨果·維文配音）的復活。威震天與殺到地球的墮落金剛一起開始大舉進攻人類，而這時候山姆也發現，一直以來對他大拋媚眼的愛麗絲，原來也是一個機器人，由于對這一點始料未及，山姆從而陷入了威震天之手。威震天逼迫山姆說出領導模塊的下落，為了救出山姆，擎天柱決定用自己的生命來換取山姆的自由，因為還有更重要的事等著山姆去做……

高清1280版對電腦配置要求比較高，建議配置低的觀看DVD版