位於大阪的鴇屋蛟龍堂最早以藥材批發起家，之後憑藉秘方配製的藥丸逐漸聞名遠近。及至第二代，兩名弟子互不服輸，導致蛟龍堂分裂，兩家當街對門經營，各以“元祖”和“本家”自居，暗鬥多年。兩年前，本家第三代當家善池喜一郎（遠藤要飾）與元祖當家丸部長彥（忍成修吾飾）發生爭執，並用硫酸將對方毀容。悲劇過後，長彥頭戴面具深鎖閣樓，喜一郎則不知去向。某日，喜一郎的妹妹初惠（武井咲飾）請來青年偵探金田一耕助（山下智久飾）調查本家員工被跟踪的事件，後者卻目睹長彥遭綁架並遇害的驚人一幕。綿亙兩代的紛爭仍在繼續，金田一不得不努力揭開隱藏多年的謎題，而早已功成名就的名偵探明智小五郎（伊藤英明飾）也化身記者，與金田一展開一場偵探的對決……  ;