“闇之書事件”（參照魔法少女奈葉A's）的10年后。踏入19歳的高町奈葉、菲特·T·哈洛溫、八神疾風三人，懷抱著彼此的友情牽絆、為了追求各自的夢想實現而加入時空管理局，并以一流魔導師的身分活躍。在此當中，出現了新發現的太古遺產“圣遺晶石”（レリック），以及以此為目標而出現的謎樣機械兵器“共鳴拓發者”（ガジェットドローン）。為了迅速對應日后被稱為“圣遺晶石事件”的狀況，八神疾風考慮到設置能夠迅速對應的獨立部隊的必要性，設立了專責處理與太古遺產關連任務的特殊部隊——“機動六課”。另一邊，時間回溯到四年前。昴·中島在遭到機場火災卷入而幾乎喪命之際，由于奈葉的出現而得救。因為憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈葉，昴在當晚的滿天星空之下，做出了“成為管理局的魔導師”的決定。四年后，經過一番波折而順利成為管理局的新進魔導師的昴，與訓練校時代的伙伴蒂雅娜·蘭斯特共同挑戰魔導師的升格試驗。于遠處凝視著兩人考試的，分別是認定兩人將成為“機動六課”的明日之星而投以注意的疾風與菲特、還有奈葉。在三人的注視之中，隨著宣告試驗開始的ReinForceII（統御之力zwei）的聲音，拉開了“StrikerS”故事的序幕。