公元前三世紀中葉，中國歷史進入戰國末年。
秦國，赫赫有名的秦昭襄王壽終正寢，重病中的太子安國君即位稱王，并立庶出的公子異人為太子，出身楚國王族的王后華陽夫人執掌了國政大權。她也是異人的嫡母。
秦太子傅呂不韋只身潛回趙國邯鄲，找到名為質子而寄居民間的趙姬趙政母子，準
備將他們秘密接回秦國，恢復他們已經漸被人們遺忘了的秦國太子妃與長公子的身份。
呂不韋甫入邯鄲，即被趙國嚴密監視，先是宅邸被圍，繼而公子趙政神秘失蹤，呂不韋臨危不亂，游說權臣郭開，曉以利害，施以重賄，倒使自己一行數人在趙軍護送下平安離開邯鄲，卻不料行到途中，忽然遭到華陽夫人密遣的秦國武士的劫殺，多虧呂不韋預有防范，大俠司空馬的突然現身，使趙姬母子又一次化險為夷。
呂不韋護送趙姬母子才入函谷關，立刻得聞噩耗，即位才三天的安國君(孝文王)因病而逝，呂不韋等晝夜兼程趕回咸陽，卻被太后華陽夫人派出的將軍樊於期將趙姬母子攔在宮外。
華陽夫人以國喪為由，不許趙姬母子進宮完禮。滯留館驛中的趙姬母子迭遇險境，呂不韋苦心孤詣請出宗室老臣殤公為趙政進宮說項，新王異人面對華陽夫人辭言臉色左右為難，僵持難下之際少年公子趙政只身闖宮叩殿，請準予認祖歸宗，以盡人子之孝，完人倫之理。宗法祖制面前，華陽夫人無奈，退身以求再舉。
在華陽夫人威勢下，新王異人不得不立楚妃為后，楚妃之子成蛟成為未來太子的第一人選。呂不韋慮遠稚睿?幻媸谝廒w姬奪寵于異人，一面苦心教導公子趙政，同時以出色的才能將秦國治理的蒸蒸日上；一戰而滅東周之后，軍政大權盡歸于呂，華陽夫人一派不甘心呂不韋的得勢，密职l難，要在異人病勢沉疴中確立成蛟為太子，呂不韋與殤公結盟，利用王室宗法廷議制挫敗了華陽一派，就在異人準備宣布趙政為太子時，華陽夫人突然出現，當眾喝止異人：趙政不能立為秦國太子！
內廷深處，華陽夫人對異人道出真相：趙政不是你的兒子。異人聞言驚得口吐鮮血。
異人深夜往見生母夏太后，久居冷宮的夏太后早已堪透世情。
深夜里的秦宮大殿上，異人與呂不韋攤牌，呂不韋面對守宮武士的刀劍，面不改色；異人垂死之前，靈智突現，毅然下旨召見公子趙政。
華陽夫人、殤公等秦廷政要深夜聞訊趕到大殿時，公子趙政手持王璽坐在王座上，腳邊是已經闔然長逝的秦王異人。
在呂不韋與(太后)趙姬主持下，十三歲的嬴(趙)政登基稱王，與此同時，他的小侍從趙高正在接受宮刑，而他的兄弟成蛟正在華陽夫人伴陪下為自縊殉情的母親送葬。
七年后，年滿二十歲的秦王嬴政一天一天顯得不順氣，因為代掌國政的仲父呂不韋閉口不提什么時候給王上冠禮(按：先秦制度，冠禮即男子成年禮，國王行加冠禮，意味著長大成人，從此才可以獨立秉權理政)。倔犟的嬴政盡管心里窩火，當著呂不韋的面卻絕不親口提及冠禮之事，一腔邪火都發泄在惹事生非上。
秦王的兄弟成蛟此時也已長大成人，一心想著帶兵出征攻城掠地，做一個公子大將軍，而他的奶奶太王太后華陽夫人對他卻另有寄托。兄弟倆人在演武場上蒙面相見，比武較技斗的難解難分……而此時，相邦兼號仲父的呂不韋也正與王太后趙姬“難解難分”，看著秦王一天天長大，呂不韋深知與趙姬維持這樣的關系無異玩火自焚，卻無奈深宮寂寞的趙姬人屆中年更加強烈渴望著尋常人家的生活與情感。此時，門客云集的呂不韋府來了一位邯鄲的舊相識，此人乃趙姬當初做歌舞伎時相好過的嫪毐，呂不韋不得已計出下策，將扮成閹人的嫪毐送入太后宮里，從此擺脫了趙姬的糾纏。
呂不韋與趙姬商議，該給王上選妃成婚了，各國公主聞召而至，連姻所涉及的巨大的政治利益使秦王的選妃成為各種勢力勾心斗角的舞臺。
公子成蛟在華陽宮邂逅楚國公主阿蒻，驚羨其美，一見鐘情愛上了阿蒻，卻遭到華陽夫人的反對。
到處惹事的秦王闖入趙國公主營帳，意外地巧遇了總角之交青梅竹馬的伙伴黎姜，她現在是趙國公主(敏代)的侍女了。
選妃儀式上，秦王出人意料地把手中金笄插到了侍女黎姜頭上，全場大嘩。
呂不韋曉義動情說服黎姜，只有犧牲愛情才能成就一個偉大的君王，黎姜入見秦王，泣請自己的意中人迎娶趙國公主。
秦王在呂不韋與李斯啟發下明白了：必須犧牲自己不愿犧牲的，忍受他人不堪忍受的，超越常人無法超越的，才能成為一個真正的王。
秦王連夜追趕上趙國公主，請為婚姻，不料卻遭到敏代拒絕，這使秦王對這位金枝玉葉的貴胄小姐有了一個新的認識。
秦王迎娶趙國公主敏代，大出華陽夫人意料，楚公主阿蒻卻不以為意。
王家獵苑中，秦王巧遇阿蒻，驚為仙女，正要上前交談時，成蛟忽然出現，阿蒻成蛟并騎而去，留下發呆的秦王。
秦王獨入華陽宮，要見阿蒻，華陽夫人心中暗喜，阿蒻卻對秦王拒之以理，成蛟聞訊趕來，兄弟倆暗中較上了勁。
聯軍伐秦，大將蒙驁戰死，公子成蛟請纓帶兵，廷議上，幾方勢力各懷心機，呂不韋最后批準成蛟領兵出征，此舉大出秦王意外。
華陽夫人將先王之劍贈與成蛟；呂不韋教導秦王，秦王痛下決心，將唯一的兄弟送上戰場。
成蛟與阿蒻告別，阿蒻諄諄叮囑他一定要平安回來。
成蛟出師不利，兵困前線，呂不韋以秦王名義發出斥責令，成蛟不服，護送輜重糧草到前線的昌平君羋靈點破機關，原來是呂不韋與秦王聯合起來要置成蛟于死地，成蛟驚怒交加，終于知道了原來自己才是唯一血統正宗的大秦王位繼承人。
成蛟向國內發出討罪檄文，起兵造反，矛頭直指秦王和呂不韋，秦廷嘩然，秦王看過檄文，腦中一片空白，看呂不韋時，卻是一片坦然。秦王驅馳數百里，來到趙姬避居的雍城，想從母親那里問清楚自己到底是誰的兒子，不料在雍城行宮卻看到母親與嫪毐睡在一起，秦王憤然舉劍劈向嫪毐……
歸程途中，秦王遭到樊於期劫殺，又是司空馬突然出現，化解了一場生死之難。
秦王深夜入呂府，獨見呂不韋，二人相對，百感交集，在疾風暴雨驚心動魄的情感與理智交鋒之后，呂不韋平靜地告訴秦王：天下最高貴的血統將從你開始。秦王向呂不韋行大禮叩拜。
一夜之間秦王長大成人，談笑間平息了秦廷內部的混亂，繼而祭告祖廟，將成蛟逐出宗冊，發兵平亂。
阿蒻改裝私蒞前線，巧遇道家風骨的繚子，在他引導下親眼目睹了兄弟相殘的一場大戰，秦王以氣吞天下的氣勢最后從精神上打垮了成蛟，也使得阿蒻從此對他另眼相看了。
平叛成功，秦王政威信大升，論功行賞，心懷忐忑的昌平君竟意外地被賞了左相國；華陽夫人一病不起，臨終前召見秦王，倆人敞開心扉，進行了最后一次坦率的交鋒，秦王以國之重禮隆重安葬華陽夫人。
沒有人再能阻止秦王舉行加冠禮了，奇怪的是秦王自己反倒不再提起。趙姬為長信侯嫪毐生下兒子，嫪毐私蓄家兵，結黨納眾，決心為自己的兒子與秦王拼死一搏。
秦王政欲擒故縱，離開咸陽，讓嫪毐充分表演，自己卻悄悄來到難忘童年記憶的邯鄲，尋找不告而別的黎姜，化裝成商人拜訪常勝將軍李牧，收服兒時的敵人黎漢，以經歷了一系列風險奇遇后回到咸陽時，長信侯嫪毐的叛亂已經一觸即發了。
為了履行對呂不韋的承諾，黎姜竭力躲著不讓秦王找到自己，卻不小心落入嫪毐手中。，一次比武競技中，嫪毐手下新收的勇士三更把作為獎賞的黎姜贏到手中。
三更欲娶黎姜，黎姜先是不從，后與三更約定，若能反戈一擊助秦王挫敗嫪毐，便以終身相許，三更滿口答應，黎姜的心思，原打算一死以報秦王，殊不知三更正是秦王手下武士，受秦王密遣先來臥底的。
秦王政赴雍城祖廟行加冠大典，嫪毐利用太后趙姬軟禁了相邦呂不韋，買通宗室大將軍嬴成，矯傳太后御旨，借機調兵起事。
加冠大典如期舉行，原定主持大典的呂不韋遲遲不到，秦王政自行登上禮壇，命宗室老臣代替呂不韋向自己授王劍，此時，呂不韋趕到了。
嫪毐終于發難，兵分兩路，一路攻打雍城，一路占領王宮，攻打雍城一路遭到蒙恬麾下禁衛軍的頑強阻擊；而奉命攻占王宮的三更卻在宮中突遇敏代公主臨盆……
大將軍嬴成突然的背后一擊，嫪毐手下的雜牌軍頃刻間土崩瓦解，帶冠佩劍的秦王在萬眾簇擁下返回咸陽，才入宮，即被一片清脆的嬰兒啼哭吸引，趕到時，只看見黎姜抱著孩子，渾身帶血的三更持劍護在左右，敏代公主已經去了，臨終留下遺言，請黎姜代為撫養這個孩子，至此，三更才明白原來自己竟然愛上了秦王的心上人。
秦王誅殺嫪毐，攮撲了倆個尚在襁褓中的兄弟，放逐了太后趙姬，論功行賞，呂不韋被冷冷地置于一旁。
公主敏代留下的兒子秦王給他起名叫扶蘇。
秦王放逐太后，眾臣紛紛諫阻，秦王命趙高在大殿前燒起油鍋，要上諫章的先下油鍋，二十七位大小臣僚先后赴死，誰也沒想到第二十八位前來請死的竟是相邦呂不韋……
秦王遵從華陽夫人遺囑，娶楚國公主阿蒻為后，合巹之夜，阿蒻卻提出要先拜見婆婆(趙姬)。
韓國疲秦之計被揭發，秦王當著六國賀使的面審問韓國派來的奸細鄭國，從而引發了大規模驅逐六國客卿(士)的邉樱?瓦B深得秦王賞識的李斯也不能幸免，李斯黯然離秦，在函谷關感慨身世命邥r繚子出現了。
呂不韋知道逐客邉幼罱K的矛頭是指向自己的，遂夜見秦王，自請免去相邦，離開咸陽，與此同時，繚子拿著李斯漚心瀝血寫成的《諫逐客書》來見秦王，秦王毅然收回逐客令，并委任鄭國為少司工，全力開鑿鄭國渠。
文信侯呂不韋就國河南，河南馬上又成了一個新的政治中心；秦王命嬴成統軍攻打韓國，指名要韓王送出公子韓非，秦王隨軍出征，真正的目標卻是謫居河南的呂不韋。
河南洛陽呂府，呂不韋散財遣客，其生死之交司空馬堅持要與呂不韋生死與共，呂不韋卻向他提出生前最后一個請求：要他承諾在自己死后繼續輔佐秦王。
秦王政與呂不韋最后訣別的時刻到了，這是呂不韋給他上的最后一課。呂不韋最終用死給自己的兒子鋪平了通向最偉大的王者的道路，當秦王問他最后還有什么要求時，呂不韋只說了一句：迎回太后。
在遷徙巴蜀的路上，呂不韋與返回咸陽的趙姬相遇了，趙姬為呂不韋唱起了倆人初相識時最喜歡的歌……
韓非入秦，受到秦王隆重款待，李斯用智，最終使秦王明白韓非的書可以用，韓非這個人卻不能留。
秦王發兵滅韓，拉開了十年統一戰爭的大幕，國恨家仇，年輕的公子張良從此走上了漫長的復仇之路。
秦王統一戰爭的第二個目標是宿敵趙國，出發前，黎姜請求隨駕同行，被秦王拒絕了。
大軍出發，秦王急切地等待著前方傳回的戰報，這時繚子不告而別，秦王拋下戰事去追繚子，卻見到繚子正在下一局奇特的棋。
秦軍連續受挫于李牧統率的趙軍，秦王從繚子計，行間于趙國權臣郭開。李牧與秦王如約在陣前相見，李牧義正辭嚴拒絕了秦王，卻不知已經暗中中計。
垂垂老矣的太后趙姬執意要回邯鄲，黎姜以照顧太后和扶蘇為名義，終于也跨上了返鄉的旅途。
昏庸的趙王將李牧問罪處死，秦軍擊潰趙軍，再次包圍了邯鄲。
太后趙姬抵達陣前，迫不及待馬上要進邯鄲，秦王不顧手下勸阻，親自駕車向著仍在激戰中的邯鄲城走去。
秦軍以空前慘重的代價攻占了邯鄲，太后趙姬在故居的大槐樹下，在秦王不舍地追問中闔然而逝。
邯鄲城被攻占，趙王成了階下囚，但趙國的反抗并未停止，秦王推行郡縣的計劃在此遭到拼死的抵抗，以鐵腕回答抵抗的秦王又不得不使黎姜、三更這些忠實于自己的善良人直面血腥的屠殺。
一直被秦王扣做人質不放的燕太子丹借機逃回燕國，網羅死士，結交豪俠，一心要以刺殺的方式結束秦王的統一戰爭。經田光舉薦，燕丹認識了荊軻。荊軻一諾之后，從燕丹手里要走了準備貢獻給秦王的燕女綠娘，以自己的方式度過了向人生告別的最后時光。
易水河畔，燕太子丹一行白衣縞素，和著高漸離悲壯的筑樂，為一去不返的荊軻送行。
荊軻行刺失敗，秦王發兵易水，燕丹謝罪自殺，燕王亡走遼東，六國中又有一國變成了秦國的郡縣。
華陽宮中，王后阿蒻與昌平君羋靈相對而嘆，倆人都知道，秦軍鐵騎所向，就該輪到楚國了，論身份，倆人貴為秦國的王后和相國，論出身，倆人身上都流著楚國王族(羋氏)的血，兩難的宿命使他們無法抉擇又不得不做出最終的抉擇。
秦王要同時伐楚滅魏，老將王翦卻提出伐楚至少要六十萬兵馬才行，秦王嘲笑王翦人越老膽越小，遂將伐楚指揮大權交與年輕的將軍李信。
昌平君掛印歸楚，王后阿蒻與繚子的友情受到秦王猜忌，華陽宮被封禁了。
李信率領的秦軍被楚將項燕以優勢兵力所擊敗，消息傳來，秦王立即去拜訪蟄居鄉下的王翦。秦王坦率地承認了自己的失誤，說動王翦重掌帥印，并將舉國精兵盡數給予。王翦為了消除秦王的顧慮，則大張其口，要田要地，要金要銀。
秦王將女兒許配王翦，詔命陣前成婚，備受宮廷內亂困擾的楚帥項燕決定孤注一擲偷襲秦軍，卻被王翦將計就計一仗擊敗。楚國一敗涂地，楚王被擄，昌平君墜城殉國，消息傳到華陽宮，阿蒻請求繚子送她回楚國，秦王下令，任何人不得阻攔。
江邊，繚子正待解纜而去，秦王趕到，對阿蒻做最后的挽留，阿蒻囑托秦王照顧好他們的孩子胡亥，終于追隨她的楚國先祖去了，遼闊的云夢澤上，渺渺飄來楚辭的歌聲……
公元前二百二十一年，秦王政二十六年，發大軍攻齊，一直對秦的吞并采取和平退讓政策的齊國刀劍生銹，甲仗已朽，秦軍一戰而下臨淄，虜齊王建。至此，天下盡歸于秦。
秦王政在祖廟舉行隆重祭告大典，隨即甩下眾人，白馬簫簫，渭水西風，獨自馳向荒原……
秦宮大殿上，文武畢集，秦王請議帝號，宗室大將軍嬴成覷機提出分封子弟功臣，建立諸侯國的提議，贏得一片響應，秦王政頓生警覺。
同樣熱切渴望封侯的李斯受眾人委托，起草了《勸封侯書》準備呈奏秦王，臨上朝前，多侄鄳]的李斯忽發奇想拜訪了中車府令趙高，倆人都是知名的書法高手，李斯袖出《勸封侯書》請趙高批評，趙高淡淡一語，驚出李斯一身冷汗。
嬴成等人拜訪已經成人的公子扶蘇，尋求他的支持，扶蘇態度曖昧，隨后而至的秦王也對扶蘇的態度表示了不滿。
秦王夜見李斯，許為兒女親家，不料卻遭到扶蘇的拒絕。
朝會上，嬴成以宗室首領自居，與秦王直面抗爭，力陳分封之必要，秦王引而不發，嬴成等又推出李斯代表功臣下僚向秦王進一步施壓，李斯袖出奏章，朗朗念出題名，乃是《諫封侯書》。
分封制被秦王無情地否決，秦王命李斯下詔：設天下為三十六郡，郡下設縣，郡縣長官統由自己直接任命，修馳道，統一文字統一度量衡，從今往后，天下萬民只有一個領袖，只聽一個人的命令，那就是他——秦始皇帝！
永遠不停止進取的秦始皇開始經營他理想中史無前例的龐大帝國，六國的財富、美女奇珍被送往咸陽集中，將軍黎漢在押送途中結識了燕女綠娘，趙高之弟趙成則意外地捕獲了在逃的高漸離。
趙高刺瞎高漸離雙目，將其獻與始皇，高漸離演奏中投筑擊刺始皇未逞，含笑而死，始皇遷怒，趙高獲罪。
李斯奉旨審理趙高，趙高的學生公子胡亥為師求情，趙高終于死里逃生。
高漸離事件深深刺激了始皇，使之感覺到帝國大廈下面涌動的火山，從而開始了他十一年皇帝生涯中無止無休的巡旅。
秦山封禪，秦始皇搜羅了天下最有學問的儒生博士，把他們養在了咸陽。
東巡至海，方士草寇來者不拒，盡遣海外，尋訪仙山不死之藥，同時也要他們向海外帶去大秦帝國的高度文明。
操勞過度的秦始皇終于病倒在巡旅途中，扶蘇、黎姜趕來侍奉醫藥，就在三人其樂融融時，張良買來的死士向始皇車駕投出了致命一擊。
行刺失敗，逃入荒山避禍的張良陷入極度苦悶時，繚子出現了。
數次逃過生死劫難的秦始皇變得更加剛愎獨斷，李斯趙高目睹一批批諫諍者的悲慘下場，采取了更加小心謹慎，曲意奉迎的對策，公子扶蘇因此對這二人更加不滿。
秦始皇遣蒙恬北逐胡人，修筑長城以絕邊患，發王綰等攻略南方，直至嶺南，同時發徭役、刑徒七十萬修阿房宮，作驪山陵，龐大的帝國在超負荷咦飨掳l出痛苦呻吟，但這些聲音都被李斯、趙高聯合擋在了始皇視聽之外。
始皇帝親自批準的最大一支海外尋仙隊伍即將啟行，此時有人告發這支隊伍的首領徐福心懷異端，始皇聞報親自趕往海邊，禁衛軍將徐福一行團團圍住……始皇親自執斧，為徐福斷纜送行。
經過此事，李斯、趙高再一次領教了始皇的洞察英明。
被始皇奪去實權的宗室大將軍嬴成不甘寂寞，聯合對帝國施政不滿的博士官們向李斯、趙高為首的官宦集團發難，兩派斗爭愈演愈烈，公子扶蘇也被深深卷入其中。
始皇作壽，博士淳于越上疏批評國政，始皇開始警覺到帝國潛在的危險，李斯趙高為了保住既得的利益，有意混淆帝聽，咸陽城內一時謠傳四起。
因為扶蘇的教育而與始皇發生爭吵的黎姜回到父親燒制兵馬俑的窯場，始皇視察兵馬俑，借題發揮敲打扶蘇，扶蘇搬出儒家的理論與始皇辨駁。
儒生博士與官宦集團兩派斗爭日趨激烈，一生崇法輕儒的始皇帝斷然下令焚書，孰料此舉不但未能平息儒生的反抗，反而引發了更強烈的抗爭。
李斯之女將決定坑殺儒生的消息傳給扶蘇，扶蘇找到始皇，拼死諫諍，始皇怒極之下要殺扶蘇，黎姜舍身相救，倒在始皇劍下。
扶蘇被始皇發往北地監軍，李斯之女毅然同行。長城腳下，扶蘇邂逅了為尋夫已經走遍長城的孟姜女。
始皇巡視驪山，在兵馬俑工地見到了繚子、張良和被自己放逐已久的三更，坐在一起吃起了始皇小時候在黎姜那吃過的牛骨燉豆。
始皇帝三十七年，年屆五十的他在自己開創的遼闊版圖上開始了最后一次巡旅，幾千里行程下來，在曾經埋葬過一代英主趙武靈王的沙丘舊宮廢墟上，這位精疲力竭的老人再也走不動了。
始皇以最后的威嚴望著趙高在遺囑上印下御璽，睜眼而逝，趙高長久不敢抬頭，更不敢相信始皇真的會死。
上郡軍營，流星劃過，平地驚雷，扶蘇演八卦……沙丘大營，趙高將嚇傻了的胡亥扶上御榻，李斯篡改遺詔，名揚海內的書法大家寫下了畢生最難看的一幅字。
上郡軍營，堪透世情宿命的扶蘇與繚子傾心交談，等待著李斯到來。
秦始皇帝的葬禮驚天動地，獨立山巔的張良俯視氣勢雄渾的大墓，一時百感交集，不禁發出“偉哉秦始皇！”的由衷感嘆。
題湊落下時發出一聲聲悶響，大地仿佛也在跟著顫抖。
宏大的秦俑軍陣追隨著這位千古一帝象是征服地下的世界去了。
倒梯形的大墓一層層合攏，加封，形成百余米高的山蓋，又在歲月風化的作用下成為今天的模樣。
字幕升起：
秦二世皇帝(胡亥)元年，農民出身的陳勝、吳廣揭竿而起，扯起反秦大旗，一時天下響應。
翌年，李斯與趙高爭權，以址醋锾帞兀??缱濉