外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物體が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物體は急速に地球に湊近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に落拓と降り破ったそれは、超大除夕型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて來た大除夕艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。暗�星団帝國はヤマトの在処を示せと懇求、超大除夕型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に逝世滅させることが出來ると脅してくる。現代達ヤマトの伣M員達は、好漢の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘敕令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り殘されることになる。地球から決逝世の脫出を果たした一行がイカロスに著くと、そこにはヤマトが隠されていた。ヤマトの伣M員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を攔阻するために40萬光年の帆海に旅破つ。