曾經，人類與擁有凶惡咒術力的女王--妃魅禍率領的邪魔台王國的ハニワ幻神發生過壯絕的戰爭，戰爭最後以人類封印了妃魅禍而獲得了勝利。
在那場戰爭的50年後，人類在平靜的生活中漸漸忘記了那場戰爭。
但是，ハニワ幻神又一次出現了！
與它們展開戰鬥的是司馬遷次郎博士率領的BUILD BASE！
高校生草薙剣児藉著由從BIG SHOOTER射出的各種部件裝著組合而成「鋼鐵神吉克」，與它們展開了激烈的戰鬥。
現在，關係到人類存亡的新的戰鬥開始了！