在「未來日記」的故事中，主角天野雪輝是個有點孤僻的少年，喜歡將發生的事情記錄在手機中，唯一的朋友是存在于自己幻想中的Deus。但某一天，他的手機中突然記錄了今后90天將會發生的事，并且記錄了自己「死亡」的記述！原來雪輝那所謂的朋友Deus就是掌管所有時間與空間的神——時空王—Deus·X·Machina。Deus在雪輝及另外11位持有人的手機上植入不同類型的「未來日記」，并要求他們利用「未來日記」互相對決，最后能存活下來的人將會取代Deus成為新一代的神。在這場互相廝殺的對決中，隨著劇情的深入，故事中各種的謎團及陰忠矟u漸浮出水面...