在學園都市制作的宇宙升降機“Endymion（暫譯：恩底彌翁）”完成在即的某一天，上條當麻和茵蒂克絲與一位無能力者（Lv0）少女鳴護艾麗莎（暫譯）相遇了。茵蒂克絲與艾麗莎兩人因為“旺盛的食欲”這樣謎一般的羈絆而意氣相合起來，就在三人享受放學后的愉快時光之時，帶著魔術師的史提爾突然發動了襲擊。而本次襲擊。而本次襲擊的目標正是艾麗莎。為何身為科學世界的艾麗莎會被魔法世界的人追擊？因為受到了魔法世界的強烈攻勢，學園都市一側的利達·夏特阿烏拉（暫譯）率領著秩序維護部隊開始了行動。上條與茵蒂克絲還有阿麗莎他們因被卷入這樣的狀況而極度混亂迷茫，史提爾對他們這樣說道：“那里的她，將會引發魔法世界跟科學世界之間的戰爭。”在科學與魔術魔法交匯之時，以“Endymion”為舞臺的故事開始了！