1945年，游學歸來的刑偵專家程慈航，在碼頭遭遇險情，多方勢力為爭奪一只鐵箱大開殺戒。這只鐵箱里，存放著日軍細菌武器的絕密檔案。警察廳廳長莫采石將鐵箱存放在檔案館密室內，由于內奸劉阿常的出賣，檔案被盜，案情從此撲朔迷離。程慈航獲悉此案事關日軍細菌武器，向莫采石請戰，總署刑偵警察局局長霍然隨即特聘程慈航為布衣偵探。程慈航上任后，很快找到蛛絲馬跡，順藤摸瓜接連捕獲重大線索，然而他卻處處受阻。程慈航既要面對刑偵處處長嚴達慶的百般阻撓，又要揣測莫采石的諱深莫測，更要與日本間諜博弈較量。內賱�阿常的死，留下關鍵線索，矛頭直指莫采石。程慈航最終摧毀檔案，大義鋤奸，與莫采石同歸于盡。