主人公小菜一直無法從失去小零的陰影中走出，使得小雪產生了不滿。這時小菜情敵出現，小菜面臨失去小雪的危機。小菜的生活又開始陷入低潮。小菜在校園遇見一個和小零極其相似的女孩，但是性格卻大相徑庭，經過一些有趣的誤會，他們也成為了朋友。于此同時，另外一個母體電影少女01號紅菱浮出水面。MR.SIN給她下達了消滅小零，為05號復仇的指令，卻沒想到紅菱另有打算。一系列電影少女的失蹤和小菜情敵的喪失神智，讓MR.SIN感覺到了危險，然而這時紅菱已經成為了凌駕在他能力之上的存在。小菜終于得知小零就是原來的那個小零，只是失去了之前的記憶，他竭力想令小零恢復記憶，卻不知道恢復記憶的代價就是小零再次消失------...