2025年，黑白都市\"斑馬城\"，城內實行\"斑馬時間\"之制，斑馬女皇煽情的歌聲挽飄蕩于各處。

        在已然面貌全非的東京街頭，市川新市驀地睜開了眼睛。

        時間是早晨五點，警鈴之聲震耳欲聾，\"斑馬時間\"到了！閃耀的斑馬燈將整個都市變成了黑與白的世界。突然，斑馬警察向新市射擊，不明就里的新市倉皇逃出了黑白都市。他絲毫不明白自己為何會遭到追擊，窮追不舍的斑馬警察一槍射穿了新市的胸痛，他失去了意識。

        五分鐘后，斑馬時間結束。朝陽升起，周遭的一切又恢復成看慣了的日常景象。一個一身白衣的男人出現帶走了新市。新市被帶到了斑馬城外的\"白馬之家\"。這里躲藏著一群被斑馬城排除的人，他們過著自給自足的生活。這群人的領袖溡翱吹叫率泻蟠蟪砸惑@。原來，新市正是他十五年前失蹤的小學班主任老師，也就是與外星人拼死大戰拯救了地球的斑馬人！\"老師！\"面對溡暗恼泻簦�新市一片茫然，他完全失去了十五年間的記憶。為了養傷，新市在白馬之家住了下來。

        斑馬女皇是斑馬城的超級歌星，她的歌已經連續四十周在排行榜上占據了冠軍的寶座。這位歌壇巨星其實就是都知市的女兒唯。唯野心勃勃，不僅想作為廣告之塔稱霸這座城市，還計劃著征服整個世界。

        侵略地球的外星人曾被唯的父親秘密保存在研究所中，后來神秘失蹤。唯準備找到外星人，讓它再度在地球上引發混亂，然后自己出場變身成黑斑馬將之打敗，成為救世主，藉此進一步在全世界推行斑馬時間。唯曾經一度在研究所中變身成功。當她和心腹手下新實得知外星人正藏匿于白馬之家后，立刻展開了行動。

        新市在白馬之家認識了栽種黑白蝴蝶花的少女小堇。小堇一開始什么話都不說，后來漸漸地對新市敞開了心扉。不料，當新市觸碰到她的時候，突然全身發抖，并很快升級成劇烈的痙攣，在身上浮現出斑馬紋的時候，記憶復蘇了。新市想起了自己是斑馬人、自己被神秘的遠心分離機封住記憶的場面，以及這個詭異世界的秘密。與此同時，受到感應，唯的身體也同步發生痙攣，并浮現斑馬紋。外星人其實寄生在了堇身上，新市看著她，腦中響起一個聲音：\"還沒有結束，斑馬人！\"此時，新實率領著斑馬警察和機動隊向白馬之家發起了攻擊。

        一場關系到地球存亡的黑白之戰拉開了序幕……