瑞克·卡特率領的遠征軍在宇宙深處取得節節勝利，并和反抗因維人的外星人結成“哨兵同盟”。但就在2031年，地球為瑞吉斯所率領的因維人占領。2044年，遠征軍調轉方向，開始朝著人類古老的家園——地球挺進。借助哨兵同盟成員海頓星人幫助，愛德華茲將軍將艦隊全部配備暗影技術，它可使艦隊不被因維人的探查設備所發現。此外，遠征軍還依靠海頓星人開發出更為強勁的中子S導彈。為了將因維人趕出地球，不惜犧牲半個星球為代價。 　　在此期間，SDF-3神秘失蹤，瑞克也發現中子S導彈的奇怪之處。他告誡遠征軍不要使用這個致命的武器。但遠征軍已向因維人發起最后的攻擊……...