《圣斗士星矢冥王神話》動畫全集故事以18世紀的歐洲為舞臺，在其時的意大利某小鎮上，有著日本血緣的孤兒天馬和喜歡繪畫的亞倫是一對摯友。某日亞倫遭到大圣堂的神父(睡神修普諾思)的指引，去到一處被稱為“地面上的極樂凈土[1]”的當地尋覓“實在之紅”。在那里亞倫遇到了一個叫“潘多拉”的奧秘少女，自此亞倫的身體開始發生了改變。另一方面，遭到天秤座的黃金圣斗士童虎的舉薦，天馬決議前往希臘圣域接受圣斗士的練習。在圣域，天馬遇到了兒時的玩伴，一起也是亞倫的小妹薩莎。幾年前被人收養的薩莎，原來竟然是女神雅典娜的轉世。2年以后，天馬終于成為天馬星座的圣斗士。另一方面，遭到潘多拉引導的亞倫，體內的冥王哈迪斯的魂靈覺悟，并向圣域發起全部攻擊...