宇宙中熊貓星球的太空熊貓為了保護熊貓星球與黑暗宇宙的天狼鼠大戰，從而引發了宇宙大爆炸，隨著宇宙大爆炸的能量旋窩，太空熊貓意外闖入地球，並結識地球上的小泰、小尚以及六福星球的啾啾馬、哞哞牛、咩咩羊、咯咯雞、汪汪狗、哼哼豬幾個基因寶貝，大家在一起搞怪賣萌。
天狼鼠在宇宙大爆炸作用下變成了一塊能量隕石跟隨到了六福星球，後與黑精鼠合體後變成了基因怪獸，能力大增，他將太空熊貓分身解體。
大家為了挽救太空熊貓的五個分身，一起穿越時空，跨越金木水火土五個空間，大戰黑精鼠和五大鼠王，最終獲得勝利，告別基因寶貝六福星返回熊貓星球。