2000年，在被稱為“第二次沖擊”的大災害中，地球上近半數的人類失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人類已經重建了家園，而不明巨型生物“使徒”卻又頻頻來襲。 　　 14歲的少年碇真嗣應父親之召從避難地來到第三新東京市，剛到不久，就被卷入了軍隊和使徒的交戰之中，危急時刻，一名美女出現救了真嗣。 　　 美女是特殊機關NERV的官員葛城美里。葛城將真嗣帶到了他的父親――NERV總司令碇元渡面前。見到久別重逢的兒子，碇元渡并無半句溫存的問候，而是直接命令他立刻坐上秘密開發的巨大機器人武器EVA初號機出擊擊退使徒。 　　 性格內向又膽怯的真嗣不滿父親的不近人情，不肯出擊。然而，當他看到少女駕駛員綾波麗身受重傷卻不得不堅持上陣時心中不忍，于是勉強坐上了EVA。 　　 從未接受過訓練的真嗣初次出擊，然而他所面對的是一場生死攸關的大戰。掌握著世界命叩纳倌陮⑷绾巫鲬穑慷�“第二次沖擊”背后的“人類補完計劃”的真相又究竟是什么？